EK-1104 通用型 DNA纯化回收试剂盒(胶与PCR纯化)

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EK-1104 通用型 DNA纯化回收试剂盒(胶与PCR纯化)
货号 (Catalog Number): EK-1104

产品描述

产品介绍

本试剂盒采用可高效、专一结合DNA的硅基质材料和独特的缓冲液系统,可从各种浓度的TAE或TBE琼脂糖凝胶上回收70bp-10kbp大小的DNA片段,也可以用于各种PCR体系中DNA回收,同时除去蛋白质、其它有机化合物、无机盐离子及寡核苷酸引物等杂质,回收率可达80%以上。每个离心吸附柱每次可吸附的DNA量为20μg。使用本试剂盒回收的DNA可适用于各种常规操作,包括酶切、PCR、测序、文库筛选、连接和转化等实验。


存储条件

该试剂盒置于室温(15-25℃)干燥条件下,可保存12个月。Buffer QG/PB可能产生沉淀,若有沉淀使用前可在55℃水浴中预热10 min以溶解。


需要额外准备的材料

□ 无水乙醇(96%-100%)

□ 无菌1.5mL离心管


开始前注意事项 务必在使用本试剂盒之前阅读此注意事项

□ 电泳时最好使用新的电泳缓冲液,以免影响电泳和回收效果。

□ 如下一步实验要求较高,核酸电泳时则应尽量使用TAE电泳缓冲液。

□ 切胶时,紫外照射时间应尽量短,以免对DNA造成损伤。

□ 如果回收率较低,可在胶充分溶解后检测pH值,如pH值大于7.5,可向含有DNA的胶溶液中加10-30µL 3M醋酸钠(pH5.2)将pH值调到5-7之间。

□ 回收<70bp或>10kbp的DNA片段时,应加大Buffer QG的体积,延长吸附和洗脱时间。

□ 回收率与初始DNA量和洗脱体积有关,初始量越少、洗脱体积越少,回收率越低。

□ 高温及潮湿等不利环境因素对吸附柱产生影响,请将吸附柱储存于阴凉干燥的环境中。


开始前试剂准备

□ 按瓶子标签所示,加入4倍体积的无水乙醇稀释Buffer PW,于室温密封保存。

□ 确认Buffer QG溶液显示为黄色。


DNA浓度及纯度检测

 回收得到的DNA片段可用琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度计检测浓度与纯度。

 DNA应在OD260处有显著吸收峰,OD260值为1相当于大约50μg/mL双链DNA、40μg/mL单链DNA。

 OD260/OD280比值应为1.7-2.0,如果洗脱时不使用洗脱缓冲液,而使用ddH2O比值会偏低,因为pH值和离子存在会影响光吸收值,但并不表示纯度低。


操作步骤:

一、琼脂糖回收DNA

1. 配制所需浓度的琼脂糖凝胶,电泳分离DNA片段。当DNA片段分离后,将凝胶置于紫外灯下,用干净锋利的手术刀快速切下含目的片段大小的DNA凝胶。

为避免DNA片段受到损伤,应尽量减少凝胶的紫外照射时间,切胶时应尽量切去多余凝胶。

2. 放入1.5mL离心管中并称取凝胶块的重量,加入3倍体积的Buffer QG(如凝胶称重结果为100mg,则其体积约等于100µL,应加入300µL Buffer QG)。

对于>2%的琼脂糖凝胶,添加6倍体积的Buffer QG。

3. 50℃水浴10min(或直至凝胶完全溶解即可),水浴期间可颠倒混匀加速溶胶。

注意:若回收<300bp的DNA片段可在完全溶胶后加入一倍凝胶体积的异丙醇以提高回收率;胶块完全溶解后最好将溶液温度降至室温再上柱,因为吸附柱在室温时结合DNA能力较强。

4. 凝胶完全溶解后,检查颜色是否为黄色(类似于没有溶解琼脂糖的Buffer QG)。

如果混合物的颜色为橙色或紫色,则逐滴加入10-30µL 3 M 醋酸钠(pH 5.2)并混合,直到混合物颜色变成黄色。DNA吸附到膜上仅在pH ≤ 7.5时有效。Buffer QG含有一种pH指示剂,在pH ≤7.5时为黄色,在较高pH时为红色,可通过颜色轻松确定DNA结合的最佳pH。

5. 将吸附柱套在2mL收集管中,并将上一步得到的溶液加入到吸附柱中,≥8000×g (≥10,000 rpm)离心30s,倒掉收集管中的废液,将吸附柱放回收集管中。

6. 向吸附柱中加入500µL Buffer PW(已加入无水乙醇),≥8000×g(≥10,000 rpm)离心30s,倒掉收集管中的废液,将吸附柱放回收集管中。

注意:如果回收的DNA是用于盐敏感的实验,例如平末端连接实验或直接测序,建议加入Buffer PW后静置2-5min后再离心。

7. 重复操作步骤6一次。

8. 倒掉收集管中的废液后将吸附柱再次套入收集管中,最大转速 (~13,400×g)离心2min以干燥吸附柱膜,目的是将吸附柱中残余的漂洗液去除。将吸附柱入新的1.5mL 离心管中并于室温开盖放置5-10min彻底晾干。

注意:Buffer PW中的乙醇残留会影响后续的酶反应(酶切、PCR等)实验。

9. 向吸附柱膜中位置悬空滴加30-50µL Buffer EB,盖上盖子室温静置2min后,最大转速 (~13,400×g)离心2min收集DNA溶液置于-20℃保存。

注意:洗脱体积不应小于30µL,体积过少影响回收效率。洗脱液的pH值对于洗脱效率有很大影响。若后续做测序,需使用ddH2O做洗脱液,并保证其pH值在7.0-8.5范围内,pH值低于7.0会降低洗脱效率。为了提高DNA的回收量,可重复本洗脱步骤一次。

二、从PCR反应液或者酶切反应中回收DNA

1. 将5倍体积的Buffer PB添加到1倍体积的PCR样品中,然后混匀。

例如,将500µL Buffer PB添加到100µL PCR样品(不包括油的体积),无需去除石蜡油或矿物油。

2. Buffer PB与样品充分混匀后,检查颜色是否为黄色。

如果混合物的颜色为橙色或紫色,则逐滴加入10-30µL 3 M 醋酸钠(pH 5.2)并混合,直到混合物颜色变成黄色。DNA吸附到膜上仅在pH ≤ 7.5时有效。Buffer PB含有一种pH指示剂,在pH ≤7.5时为黄色,在较高pH时为橙色或紫色,可通过颜色轻松确定DNA结合的最佳pH。

3. 将吸附柱套在2mL收集管中,并将上一步得到的溶液加入到吸附柱中,≥8000×g (≥10,000 rpm)离心30s,倒掉收集管中的废液,将吸附柱放回收集管中。

4. 向吸附柱中加入500µL Buffer PW(已加入无水乙醇),≥8000×g (≥10,000 rpm)离心30s,倒掉收集管中的废液,将吸附柱放回收集管中。

注意:如果回收的DNA是用于盐敏感的实验,例如平末端连接实验或直接测序,建议加入Buffer PW后静置2-5min后再离心。

5. 重复操作步骤4一次。

6. 倒掉收集管中的废液后将吸附柱再次套入收集管中,最大转速 (~13,400×g)离心2min以干燥吸附柱膜,目的是将吸附柱中残余的漂洗液去除。将吸附柱入新的1.5mL离心管中并于室温开盖放置5-10min彻底晾干。

7. 向吸附柱膜中央位置悬空滴加30-50µL Buffer EB,盖上盖子室温静置2min后,最大转速 (~13,400×g)离心2min收集DNA溶液并置于-20℃保存。

产品规格

货期
1-2天
规格
50T、100T

应用领域

本产品适用于EK-1104、凝胶核酸回收、生物科研试剂、ECOTOP SCIENTIFIC等研究领域。ECOTOP SCIENTIFIC(广州亿涛生物科技有限公司)提供高品质生物科研试剂,服务科研院所与生物医药企业。

存储条件

室温(15-25℃)干燥条件下,可保存

品牌: ECOTOP SCIENTIFIC

常见问题 (FAQ)

纯化后产物如何保存?

洗脱体积不应小于 30 µL(建议 30–50 µL),过少会显著降低回收效率。短期 4℃ 1–2 周;长期 -20℃ 分装储存。测序应用必须用 ddH₂O 洗脱并保证 pH 7.0–8.5(pH <7.0 会显著降低洗脱效率);常规分子生物学实验优先使用 Buffer EB。试剂盒整体在室温(15–25℃)干燥条件下可保存 12 个月,Buffer QG 或 Buffer PB 出现沉淀时 55℃ 水浴 10 min 至溶解后即可使用。

高浓度胶(≥3%)回收率明显下降,如何优化?

高浓度胶融解慢、粘度高,会包裹 DNA。优化方法:① >2% 凝胶按 6 倍胶重加 Buffer QG;② 50℃ 加热延长至 15–20 min,期间多次涡旋至完全溶解;③ 高浓度胶切尽量小;④ 必要时改用 LMP 低熔点胶(37℃ 即可融解,对大片段更友好)。

胶回收 vs PCR 纯化在选择路径时如何决定?

单一目标条带且无明显非特异性扩增 → PCR 纯化路径(用 Buffer PB,5 倍 PCR 体积,流程更快);多条带或需切除引物二聚体 → 胶回收路径(用 Buffer QG)。两条路径回收的 DNA 在下游应用兼容性上完全等价。

纯化后 DNA 适用于哪些下游应用?

回收 DNA 的 OD260/OD280 通常 1.7–2.0、盐离子与有机残留极低,可直接进入:限制酶酶切、连接(包括 T/A 克隆与 Gibson 装配)、PCR 与 qPCR、Sanger / 二代测序文库构建、in vitro 转录、克隆转化等。

UV 透射观察胶切时如何减少 DNA 损伤?

切胶时紫外照射时间应尽量短,并尽量切去多余凝胶。建议优化:① 使用蓝光透射仪(如 Safe Imager)替代 UV,能完全避免嘧啶二聚体生成;② 必须用 UV 时控制曝光时间 <30 秒;③ 选用低毒染料(GelRed、SYBR Safe、SafeView ES-8426)替代 EB 以缩短观察时间。

胶染剂会被有效去除吗?

EB(溴化乙锭)、SYBR Safe、GelRed、SafeView(ES-8426)等常用染料在硅胶膜结合-洗涤过程中会被冲洗掉,洗脱液中残留 <1% 起始量,不影响下游酶反应或测序。如果用 EB 染色后回收 DNA 用于克隆,建议加 Buffer PW 后静置 2–5 min 再离心(这一步对盐敏感实验如平末端连接、直接测序也有帮助)。

胶切回收时哪些操作影响得率?

关键点(与 EK-1101 流程一致):① Buffer QG 加入量——≤2% 凝胶按 3 倍胶重加(如 100 mg 胶加 300 µL QG),>2% 凝胶按 6 倍胶重加;② 50℃ 水浴 10 min 完全溶胶(期间多次颠倒混匀加速);③ 上柱前确认溶液颜色为黄色(pH ≤7.5),呈橙紫色时逐滴加 3 M 醋酸钠 pH 5.2,10–30 µL 调回黄色;④ 回收 <300 bp 片段可在完全溶胶后加 1 倍胶体积异丙醇提升得率;⑤ Buffer PW 漂洗后空管 ~13,400×g 离心 2 min 再开盖室温静置 5–10 min 彻底晾干乙醇;⑥ Buffer EB 加在膜中央,60℃ 预热可提高得率。

适用片段范围与单柱处理量是多少?

本试剂盒适用 70 bp – 10 kb 的双链 DNA,回收率可达 80% 以上,单柱单次最大吸附量 20 µg DNA。回收 <70 bp 或 >10 kb 片段时,应加大 Buffer QG 体积、延长吸附与洗脱时间,回收率会有所下降。单柱单次上样上限 700 µL,超量分批离心即可(无需更换柱子)。

与单功能试剂盒(EK-1101 / EK-1102)相比有什么优势?

通用型试剂盒同时含有 Buffer QG 与 Buffer PB,覆盖了 EK-1101(胶回收)和 EK-1102(PCR 纯化)的功能,优势:① 实验室耗材简化(一套试剂支持两种应用);② 灵活性高(同一克隆流程中两种路径可混用);③ 总体成本更低。

本试剂盒既能胶回收又能 PCR 纯化,原理是什么?

本试剂盒采用硅基质材料 + 两套独立缓冲液系统:Buffer QG(胶溶解 + 上柱结合)用于琼脂糖凝胶回收;Buffer PB(PCR/酶切反应液上柱结合)用于直接纯化 PCR 产物;之后两条路径共用 Buffer PW(含乙醇漂洗)和 Buffer EB(弱碱性洗脱)。两路径流程在装柱、洗涤、洗脱步骤完全相同,可在同一克隆/PCR 工作流中混用。

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产品介绍

本试剂盒采用可高效、专一结合DNA的硅基质材料和独特的缓冲液系统,可从各种浓度的TAE或TBE琼脂糖凝胶上回收70bp-10kbp大小的DNA片段,也可以用于各种PCR体系中DNA回收,同时除去蛋白质、其它有机化合物、无机盐离子及寡核苷酸引物等杂质,回收率可达80%以上。每个离心吸附柱每次可吸附的DNA量为20μg。使用本试剂盒回收的DNA可适用于各种常规操作,包括酶切、PCR、测序、文库筛选、连接和转化等实验。


存储条件

该试剂盒置于室温(15-25℃)干燥条件下,可保存12个月。Buffer QG/PB可能产生沉淀,若有沉淀使用前可在55℃水浴中预热10 min以溶解。


需要额外准备的材料

□ 无水乙醇(96%-100%)

□ 无菌1.5mL离心管


开始前注意事项 务必在使用本试剂盒之前阅读此注意事项

□ 电泳时最好使用新的电泳缓冲液,以免影响电泳和回收效果。

□ 如下一步实验要求较高,核酸电泳时则应尽量使用TAE电泳缓冲液。

□ 切胶时,紫外照射时间应尽量短,以免对DNA造成损伤。

□ 如果回收率较低,可在胶充分溶解后检测pH值,如pH值大于7.5,可向含有DNA的胶溶液中加10-30µL 3M醋酸钠(pH5.2)将pH值调到5-7之间。

□ 回收<70bp或>10kbp的DNA片段时,应加大Buffer QG的体积,延长吸附和洗脱时间。

□ 回收率与初始DNA量和洗脱体积有关,初始量越少、洗脱体积越少,回收率越低。

□ 高温及潮湿等不利环境因素对吸附柱产生影响,请将吸附柱储存于阴凉干燥的环境中。


开始前试剂准备

□ 按瓶子标签所示,加入4倍体积的无水乙醇稀释Buffer PW,于室温密封保存。

□ 确认Buffer QG溶液显示为黄色。


DNA浓度及纯度检测

 回收得到的DNA片段可用琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度计检测浓度与纯度。

 DNA应在OD260处有显著吸收峰,OD260值为1相当于大约50μg/mL双链DNA、40μg/mL单链DNA。

 OD260/OD280比值应为1.7-2.0,如果洗脱时不使用洗脱缓冲液,而使用ddH2O比值会偏低,因为pH值和离子存在会影响光吸收值,但并不表示纯度低。


操作步骤:

一、琼脂糖回收DNA

1. 配制所需浓度的琼脂糖凝胶,电泳分离DNA片段。当DNA片段分离后,将凝胶置于紫外灯下,用干净锋利的手术刀快速切下含目的片段大小的DNA凝胶。

为避免DNA片段受到损伤,应尽量减少凝胶的紫外照射时间,切胶时应尽量切去多余凝胶。

2. 放入1.5mL离心管中并称取凝胶块的重量,加入3倍体积的Buffer QG(如凝胶称重结果为100mg,则其体积约等于100µL,应加入300µL Buffer QG)。

对于>2%的琼脂糖凝胶,添加6倍体积的Buffer QG。

3. 50℃水浴10min(或直至凝胶完全溶解即可),水浴期间可颠倒混匀加速溶胶。

注意:若回收<300bp的DNA片段可在完全溶胶后加入一倍凝胶体积的异丙醇以提高回收率;胶块完全溶解后最好将溶液温度降至室温再上柱,因为吸附柱在室温时结合DNA能力较强。

4. 凝胶完全溶解后,检查颜色是否为黄色(类似于没有溶解琼脂糖的Buffer QG)。

如果混合物的颜色为橙色或紫色,则逐滴加入10-30µL 3 M 醋酸钠(pH 5.2)并混合,直到混合物颜色变成黄色。DNA吸附到膜上仅在pH ≤ 7.5时有效。Buffer QG含有一种pH指示剂,在pH ≤7.5时为黄色,在较高pH时为红色,可通过颜色轻松确定DNA结合的最佳pH。

5. 将吸附柱套在2mL收集管中,并将上一步得到的溶液加入到吸附柱中,≥8000×g (≥10,000 rpm)离心30s,倒掉收集管中的废液,将吸附柱放回收集管中。

6. 向吸附柱中加入500µL Buffer PW(已加入无水乙醇),≥8000×g(≥10,000 rpm)离心30s,倒掉收集管中的废液,将吸附柱放回收集管中。

注意:如果回收的DNA是用于盐敏感的实验,例如平末端连接实验或直接测序,建议加入Buffer PW后静置2-5min后再离心。

7. 重复操作步骤6一次。

8. 倒掉收集管中的废液后将吸附柱再次套入收集管中,最大转速 (~13,400×g)离心2min以干燥吸附柱膜,目的是将吸附柱中残余的漂洗液去除。将吸附柱入新的1.5mL 离心管中并于室温开盖放置5-10min彻底晾干。

注意:Buffer PW中的乙醇残留会影响后续的酶反应(酶切、PCR等)实验。

9. 向吸附柱膜中位置悬空滴加30-50µL Buffer EB,盖上盖子室温静置2min后,最大转速 (~13,400×g)离心2min收集DNA溶液置于-20℃保存。

注意:洗脱体积不应小于30µL,体积过少影响回收效率。洗脱液的pH值对于洗脱效率有很大影响。若后续做测序,需使用ddH2O做洗脱液,并保证其pH值在7.0-8.5范围内,pH值低于7.0会降低洗脱效率。为了提高DNA的回收量,可重复本洗脱步骤一次。

二、从PCR反应液或者酶切反应中回收DNA

1. 将5倍体积的Buffer PB添加到1倍体积的PCR样品中,然后混匀。

例如,将500µL Buffer PB添加到100µL PCR样品(不包括油的体积),无需去除石蜡油或矿物油。

2. Buffer PB与样品充分混匀后,检查颜色是否为黄色。

如果混合物的颜色为橙色或紫色,则逐滴加入10-30µL 3 M 醋酸钠(pH 5.2)并混合,直到混合物颜色变成黄色。DNA吸附到膜上仅在pH ≤ 7.5时有效。Buffer PB含有一种pH指示剂,在pH ≤7.5时为黄色,在较高pH时为橙色或紫色,可通过颜色轻松确定DNA结合的最佳pH。

3. 将吸附柱套在2mL收集管中,并将上一步得到的溶液加入到吸附柱中,≥8000×g (≥10,000 rpm)离心30s,倒掉收集管中的废液,将吸附柱放回收集管中。

4. 向吸附柱中加入500µL Buffer PW(已加入无水乙醇),≥8000×g (≥10,000 rpm)离心30s,倒掉收集管中的废液,将吸附柱放回收集管中。

注意:如果回收的DNA是用于盐敏感的实验,例如平末端连接实验或直接测序,建议加入Buffer PW后静置2-5min后再离心。

5. 重复操作步骤4一次。

6. 倒掉收集管中的废液后将吸附柱再次套入收集管中,最大转速 (~13,400×g)离心2min以干燥吸附柱膜,目的是将吸附柱中残余的漂洗液去除。将吸附柱入新的1.5mL离心管中并于室温开盖放置5-10min彻底晾干。

7. 向吸附柱膜中央位置悬空滴加30-50µL Buffer EB,盖上盖子室温静置2min后,最大转速 (~13,400×g)离心2min收集DNA溶液并置于-20℃保存。

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