EK-1101 琼脂糖凝胶DNA回收试剂盒

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EK-1101 琼脂糖凝胶DNA回收试剂盒
货号 (Catalog Number): EK-1101

产品描述

产品介绍

本试剂盒采用可高效、专一结合DNA的硅基质材料和独特的缓冲液系统,可从各种浓度的TAE或TBE琼脂糖凝胶上回收70bp-10kbp大小的DNA片段,同时除去蛋白质、其它有机化合物、无机盐离子及寡核苷酸引物等杂质,回收率可达80%以上。每个离心吸附柱每次可吸附的DNA量为20μg。使用本试剂盒回收的DNA可适用于各种常规操作,包括酶切、PCR、测序、文库筛选、连接和转化等实验。


存储条件

该试剂盒置于室温(15-25℃)干燥条件下,可保存12个月。Buffer QG可能产生沉淀,若有沉淀使用前可在55℃水浴中预热10 min以溶解。


需要额外准备的材料

□ 无水乙醇(96%-100%)

□ 无菌1.5mL离心管


开始前注意事项 务必在使用本试剂盒之前阅读此注意事项

□ 电泳时最好使用新的电泳缓冲液,以免影响电泳和回收效果。

□ 如下一步实验要求较高,核酸电泳时则应尽量使用TAE电泳缓冲液。

□ 切胶时,紫外照射时间应尽量短,以免对DNA造成损伤。

□ 如果回收率较低,可在胶充分溶解后检测pH值,如pH值大于7.5,可向含有DNA的胶溶液中加10-30µL 3M醋酸钠(pH5.2)将pH值调到5-7之间。

□ 回收<70bp或>10kbp的DNA片段时,应加大Buffer QG的体积,延长吸附和洗脱时间。

□ 回收率与初始DNA量和洗脱体积有关,初始量越少、洗脱体积越少,回收率越低。

□ 高温及潮湿等不利环境因素对吸附柱产生影响,请将吸附柱储存于阴凉干燥的环境中。


开始前试剂准备

□ 按瓶子标签所示,加入4倍体积的无水乙醇稀释Buffer PW,于室温密封保存。

□ 确认Buffer QG溶液显示为黄色。


DNA浓度及纯度检测

 回收得到的DNA片段可用琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度计检测浓度与纯度。

 DNA应在OD260处有显著吸收峰,OD260值为1相当于大约50μg/mL双链DNA、40μg/mL单链DNA。

 OD260/OD280比值应为1.7-2.0,如果洗脱时不使用洗脱缓冲液,而使用ddH2O比值会偏低,因为pH值和离子存在会影响光吸收值,但并不表示纯度低。


操作步骤:

1. 配制所需浓度的琼脂糖凝胶,电泳分离DNA片段。当DNA片段分离后,将凝胶置于紫外灯下,用干净锋利的手术刀快速切下含目的片段大小的DNA凝胶。

为避免DNA片段受到损伤,应尽量减少凝胶的紫外照射时间,切胶时应尽量切去多余凝胶。

2. 放入1.5mL离心管中并称取凝胶块的重量,加入3倍体积的Buffer QG(如凝胶称重结果为100mg,则其体积约等于100µL,应加入300µL Buffer QG)。

对于>2%的琼脂糖凝胶,添加6倍体积的Buffer QG。

3. 50℃水浴10min(或直至凝胶完全溶解即可),水浴期间可颠倒混匀加速溶胶。

注意:胶块完全溶解后最好将溶液温度降至室温再上柱,因为吸附柱在室温时结合DNA能力较强。若回收<300bp的DNA片段可在完全溶胶后加入1倍凝胶体积的异丙醇以提高回收率,加入异丙醇后需充分颠倒混匀,且无需再次水浴,直接进行后续上柱操作。

4. 凝胶完全溶解后,检查颜色是否为黄色(类似于没有溶解琼脂糖的Buffer QG)。

如果混合物的颜色为橙色或紫色,则逐滴加入10-30µL 3 M 醋酸钠(pH 5.2)并混合,直到混合物颜色变成黄色。DNA吸附到膜上仅在pH ≤ 7.5时有效。Buffer QG含有一种pH指示剂,在pH ≤7.5时为黄色,在较高pH时为橙色或紫色,可通过颜色轻松确定DNA结合的最佳pH。

5. 可选步骤)向上述溶胶液中加入1倍凝胶体积的异丙醇并混合。

例如,如果琼脂糖凝胶切片为100mg,则添加100µL异丙醇。此步骤增加了≤500bp和≥4 kb的DNA 片段的产量。对于500bp-4kb之间的DNA片段,添加异丙醇对产量没有影响。

6. 将吸附柱套在2mL收集管中,并将上一步得到的溶液加入到吸附柱中,≥8000×g (≥10,000 rpm)离心30s,倒掉收集管中的废液,将吸附柱放回收集管中。

吸附柱最大容量为700µL,若样品体积大于700µL,可分批加入;为提高回收率,可短暂离心用于溶胶的1.5mL 离心管后再将溶液转移如吸附柱。

7. 向吸附柱中加入500µL Buffer PW(已加入无水乙醇),≥8000×g(≥10,000 rpm)离心30s,倒掉收集管中的废液,将吸附柱放回收集管中。

注意:如果回收的DNA是用于盐敏感的实验,例如平末端连接实验或直接测序,建议加入Buffer PW后静置2-5min后再离心。

8. 重复操作步骤7一次。

9. 倒掉收集管中的废液后将吸附柱再次套入收集管中,最大转速 (~13,400×g)离心2min以干燥吸附柱膜,目的是将吸附柱中残余的漂洗液去除。将吸附柱套入新的1.5mL离心管中并于室温开盖放置5-10min彻底晾干。

注意:Buffer PW中的乙醇残留会影响后续的酶反应(酶切、PCR等)实验。

10. 向吸附柱膜中位置悬空滴加30-50µL Buffer EB,盖上盖子室温静置2min后,最大转速 (~13,400×g)离心2min收集DNA溶液置于-20℃保存。

注意:洗脱体积不应小于30µL,体积过少影响回收效率。洗脱液的pH值对于洗脱效率有很大影响。若后续做测序,需使用ddH2O做洗脱液,并保证其pH值在7.0-8.5范围内,pH值低于7.0会降低洗脱效率。为了提高DNA的回收量,可重复操作本洗脱步骤一次。


常见问题:

1. 回收率低:确保溶胶完全(55°C 水浴并多次颠倒混匀);Buffer EB 必须加在膜中央(建议 60°C 预热)。

2. 条带变性/杂带:某些片段对热敏感,可降低溶胶温度至37-45°C,并相应延长溶胶时间。

3. A 260/230比值低:如果在0.5-1.0之间,且下游是做常规 PCR 或测序,通常可以直接使用,不需要过度担心,这是Buffer QG 中盐离子残留引起的正常现象,通常不影响测序、PCR或酶切。可通过增加一次Buffer PW的洗涤步骤改善。

4. 下游连接/转化失败:离心甩干后务必换新管并开盖晾干5-10 min,彻底去除残留乙醇。

产品规格

货期
1-2天
规格
50T、100T

应用领域

本产品适用于EK-1101、凝胶核酸回收、生物科研试剂、ECOTOP SCIENTIFIC等研究领域。ECOTOP SCIENTIFIC(广州亿涛生物科技有限公司)提供高品质生物科研试剂,服务科研院所与生物医药企业。

存储条件

室温(15-25℃)干燥条件下,可保存

品牌: ECOTOP SCIENTIFIC

常见问题 (FAQ)

一次实验回收的 DNA 应如何储存?

短期使用:4℃ 保存 1–2 周;长期:-20℃ 分装储存,避免反复冻融。建议在试剂盒提供的 Buffer EB 中保存以提高稳定性;用 ddH₂O 洗脱的样品应立即冻存。储存超过 6 个月的样品建议重新检测电泳条带完整性。

胶回收试剂盒可以用于回收 RNA 或 PCR 产物吗?

本试剂盒针对琼脂糖胶中 DNA 回收设计;如需直接纯化 PCR 产物(不上胶),请使用 EK-1102 PCR 产物纯化试剂盒,流程更快、回收率 ≥90%。直接回收 RNA 不在本产品验证范围,RNA 提取纯化建议改用 EK-1103(RNA 纯化回收)或 EK-1300/EK-1303 等专用 RNA 提取试剂盒。

回收的 DNA 浓度偏低怎么办?

排查与提升思路:① 胶块完全溶解后检查 Buffer QG 颜色为黄色(pH ≤7.5 时 DNA 才能高效结合膜);若呈橙色或紫色说明 pH 偏碱,逐滴加入 10–30 µL 3 M 醋酸钠 pH 5.2 调至黄色;② Buffer EB 加在膜中央并 60℃ 预热,洗脱前室温静置 2 min;③ 减少洗脱体积至 30 µL(最低限)以提升浓度;④ 同一柱可重复洗脱一次以提高总得率(牺牲浓度);⑤ Buffer PW 必须按瓶身指示加 4 倍体积无水乙醇稀释。

胶切时如何避免 UV 损伤 DNA?

紫外照射会造成嘧啶二聚体形成,影响后续连接和 PCR 效率。本试剂盒说明书明确要求:切胶时紫外照射时间应尽量短,并尽量切去多余凝胶。建议优化:① 使用蓝光透射仪(如 Safe Imager)替代 UV;② 必须用 UV 时控制曝光时间 <30 秒;③ 使用低毒染料(如 SYBR Safe、GelRed、ES-8426 SafeView)替代 EB 以缩短观察时间。

回收的 DNA 可以直接用于哪些下游应用?

本试剂盒回收的 DNA 适用于常见下游分子生物学实验,包括:限制性内切酶酶切、连接反应、PCR 扩增、Sanger 测序、二代测序文库构建、克隆转化、文库筛选、in vitro 转录等。回收 DNA 的 OD260/OD280 通常 1.7–2.0(理想范围),满足大多数下游酶反应要求。

洗脱步骤可以用水代替 Buffer EB 吗?

可以使用 ddH₂O 洗脱,但 DNA 在水中长期储存会发生水解。测序应用必须用 ddH₂O 且 pH 严格控制在 7.0–8.5,pH <7.0 会显著降低洗脱效率;常规分子生物学实验建议优先使用试剂盒提供的 Buffer EB(弱碱性,含微量 EDTA),稳定性更好。洗脱体积不应少于 30 µL,过少会显著降低回收效率。

回收的 DNA 装载到下一道凝胶时为什么会漂出加样孔?

通常是洗脱后样品中残留乙醇(来自 Buffer PW)所致。乙醇密度低于 TE/水,会使 DNA 样品在加样时浮出加样孔。解决方法:Buffer PW 漂洗后空管最大转速 ~13,400×g 离心 2 min 彻底排空,并将吸附柱套入新的 1.5 mL 离心管开盖室温静置 5–10 min 彻底晾干,再加洗脱液。

为什么我的胶块在融胶步骤后还有残留固体?

融胶不彻底会显著降低回收率。本试剂盒推荐:① 称取胶块重量后按 3 倍体积(≤2% 凝胶)或 6 倍体积(>2% 凝胶)加入 Buffer QG(如胶块 100 mg ≈100 µL,则加 300 µL Buffer QG);② 50℃ 水浴 10 min(或直至凝胶完全溶解),期间多次颠倒混匀加速溶胶;③ 胶完全溶解后将温度降至室温再上柱,吸附柱在室温时结合 DNA 能力最强;④ 回收 <300 bp 片段可在完全溶胶后加入 1 倍凝胶体积异丙醇以提高回收率。

胶回收的典型 DNA 回收率是多少?

本试剂盒标准操作下回收率可达 80% 以上,回收率受初始 DNA 量、洗脱体积、片段大小三个因素综合影响——初始量越少、洗脱体积越小、回收率越低。提升要点:① 切胶时尽量切去多余凝胶;② 50℃ 水浴 10 min 至胶完全溶解,期间多次颠倒混匀;③ 洗脱时用 Buffer EB(建议 60℃ 预热)加在膜中央;④ 必要时同一柱重复洗脱一次以提高得率。

琼脂糖凝胶DNA回收试剂盒适用于多大范围的 DNA 片段回收?

本试剂盒采用硅基质材料 + 独特的 Buffer QG 缓冲液系统,适用回收 70 bp – 10 kb 的 DNA 片段,回收率可达 80% 以上,单柱单次最大吸附量 20 µg DNA。回收 <70 bp 或 >10 kb 片段时,应加大 Buffer QG 体积、延长吸附与洗脱时间。同时兼容 TAE 与 TBE 琼脂糖凝胶(如下游对杂质要求高,建议优先选 TAE)。

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产品介绍

本试剂盒采用可高效、专一结合DNA的硅基质材料和独特的缓冲液系统,可从各种浓度的TAE或TBE琼脂糖凝胶上回收70bp-10kbp大小的DNA片段,同时除去蛋白质、其它有机化合物、无机盐离子及寡核苷酸引物等杂质,回收率可达80%以上。每个离心吸附柱每次可吸附的DNA量为20μg。使用本试剂盒回收的DNA可适用于各种常规操作,包括酶切、PCR、测序、文库筛选、连接和转化等实验。


存储条件

该试剂盒置于室温(15-25℃)干燥条件下,可保存12个月。Buffer QG可能产生沉淀,若有沉淀使用前可在55℃水浴中预热10 min以溶解。


需要额外准备的材料

□ 无水乙醇(96%-100%)

□ 无菌1.5mL离心管


开始前注意事项 务必在使用本试剂盒之前阅读此注意事项

□ 电泳时最好使用新的电泳缓冲液,以免影响电泳和回收效果。

□ 如下一步实验要求较高,核酸电泳时则应尽量使用TAE电泳缓冲液。

□ 切胶时,紫外照射时间应尽量短,以免对DNA造成损伤。

□ 如果回收率较低,可在胶充分溶解后检测pH值,如pH值大于7.5,可向含有DNA的胶溶液中加10-30µL 3M醋酸钠(pH5.2)将pH值调到5-7之间。

□ 回收<70bp或>10kbp的DNA片段时,应加大Buffer QG的体积,延长吸附和洗脱时间。

□ 回收率与初始DNA量和洗脱体积有关,初始量越少、洗脱体积越少,回收率越低。

□ 高温及潮湿等不利环境因素对吸附柱产生影响,请将吸附柱储存于阴凉干燥的环境中。


开始前试剂准备

□ 按瓶子标签所示,加入4倍体积的无水乙醇稀释Buffer PW,于室温密封保存。

□ 确认Buffer QG溶液显示为黄色。


DNA浓度及纯度检测

 回收得到的DNA片段可用琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度计检测浓度与纯度。

 DNA应在OD260处有显著吸收峰,OD260值为1相当于大约50μg/mL双链DNA、40μg/mL单链DNA。

 OD260/OD280比值应为1.7-2.0,如果洗脱时不使用洗脱缓冲液,而使用ddH2O比值会偏低,因为pH值和离子存在会影响光吸收值,但并不表示纯度低。


操作步骤:

1. 配制所需浓度的琼脂糖凝胶,电泳分离DNA片段。当DNA片段分离后,将凝胶置于紫外灯下,用干净锋利的手术刀快速切下含目的片段大小的DNA凝胶。

为避免DNA片段受到损伤,应尽量减少凝胶的紫外照射时间,切胶时应尽量切去多余凝胶。

2. 放入1.5mL离心管中并称取凝胶块的重量,加入3倍体积的Buffer QG(如凝胶称重结果为100mg,则其体积约等于100µL,应加入300µL Buffer QG)。

对于>2%的琼脂糖凝胶,添加6倍体积的Buffer QG。

3. 50℃水浴10min(或直至凝胶完全溶解即可),水浴期间可颠倒混匀加速溶胶。

注意:胶块完全溶解后最好将溶液温度降至室温再上柱,因为吸附柱在室温时结合DNA能力较强。若回收<300bp的DNA片段可在完全溶胶后加入1倍凝胶体积的异丙醇以提高回收率,加入异丙醇后需充分颠倒混匀,且无需再次水浴,直接进行后续上柱操作。

4. 凝胶完全溶解后,检查颜色是否为黄色(类似于没有溶解琼脂糖的Buffer QG)。

如果混合物的颜色为橙色或紫色,则逐滴加入10-30µL 3 M 醋酸钠(pH 5.2)并混合,直到混合物颜色变成黄色。DNA吸附到膜上仅在pH ≤ 7.5时有效。Buffer QG含有一种pH指示剂,在pH ≤7.5时为黄色,在较高pH时为橙色或紫色,可通过颜色轻松确定DNA结合的最佳pH。

5. 可选步骤)向上述溶胶液中加入1倍凝胶体积的异丙醇并混合。

例如,如果琼脂糖凝胶切片为100mg,则添加100µL异丙醇。此步骤增加了≤500bp和≥4 kb的DNA 片段的产量。对于500bp-4kb之间的DNA片段,添加异丙醇对产量没有影响。

6. 将吸附柱套在2mL收集管中,并将上一步得到的溶液加入到吸附柱中,≥8000×g (≥10,000 rpm)离心30s,倒掉收集管中的废液,将吸附柱放回收集管中。

吸附柱最大容量为700µL,若样品体积大于700µL,可分批加入;为提高回收率,可短暂离心用于溶胶的1.5mL 离心管后再将溶液转移如吸附柱。

7. 向吸附柱中加入500µL Buffer PW(已加入无水乙醇),≥8000×g(≥10,000 rpm)离心30s,倒掉收集管中的废液,将吸附柱放回收集管中。

注意:如果回收的DNA是用于盐敏感的实验,例如平末端连接实验或直接测序,建议加入Buffer PW后静置2-5min后再离心。

8. 重复操作步骤7一次。

9. 倒掉收集管中的废液后将吸附柱再次套入收集管中,最大转速 (~13,400×g)离心2min以干燥吸附柱膜,目的是将吸附柱中残余的漂洗液去除。将吸附柱套入新的1.5mL离心管中并于室温开盖放置5-10min彻底晾干。

注意:Buffer PW中的乙醇残留会影响后续的酶反应(酶切、PCR等)实验。

10. 向吸附柱膜中位置悬空滴加30-50µL Buffer EB,盖上盖子室温静置2min后,最大转速 (~13,400×g)离心2min收集DNA溶液置于-20℃保存。

注意:洗脱体积不应小于30µL,体积过少影响回收效率。洗脱液的pH值对于洗脱效率有很大影响。若后续做测序,需使用ddH2O做洗脱液,并保证其pH值在7.0-8.5范围内,pH值低于7.0会降低洗脱效率。为了提高DNA的回收量,可重复操作本洗脱步骤一次。


常见问题:

1. 回收率低:确保溶胶完全(55°C 水浴并多次颠倒混匀);Buffer EB 必须加在膜中央(建议 60°C 预热)。

2. 条带变性/杂带:某些片段对热敏感,可降低溶胶温度至37-45°C,并相应延长溶胶时间。

3. A 260/230比值低:如果在0.5-1.0之间,且下游是做常规 PCR 或测序,通常可以直接使用,不需要过度担心,这是Buffer QG 中盐离子残留引起的正常现象,通常不影响测序、PCR或酶切。可通过增加一次Buffer PW的洗涤步骤改善。

4. 下游连接/转化失败:离心甩干后务必换新管并开盖晾干5-10 min,彻底去除残留乙醇。

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