「文献解读」口腔炎症发病机制怎么挖？南方医大团队发布OralExplorer

导读
口腔炎症疾病（如牙周炎）不仅局限于口腔，还可能引发严重的全身性并发症。然而，海量的公开转录组和单细胞数据却一直未被充分利用。近期，南方医科大学珠江医院团队在《Journal of Translational Medicine》（IF: 9.7，Q1）上重磅发布了“OralExplorer”——一个专门用于探索口腔炎症机制的综合网络分析服务器，为广大牙科研究人员提供了一键式生信分析利器！

01 研究背景

口腔炎症性疾病是由口腔病原体引起的局部感染，并存在诱发全身性疾病的风险。随着测序技术的普及，GEO等公共数据库积累了大量相关数据。为了让临床医生和基础研究者免于繁琐的代码编写，直接从庞大的数据海洋中挖掘出关键的发病机制和生物标志物，开发一款集成的在线生物信息学平台显得尤为重要。

02 研究设计

研究团队首先从 GEO 数据库中广泛收集人类口腔炎症疾病相关的转录组和单细胞测序数据集，并进行标准化处理。随后，利用 Shiny 框架搭建了拥有 5 大核心功能模块的 Web 平台（OralExplorer），涵盖差异表达分析、免疫浸润分析、相关性分析、通路富集分析和单细胞可视化。最后，团队使用临床收集的牙龈组织样本，通过 qPCR 和免疫组化（IHC）技术对平台鉴定出的关键标志物进行了实验验证。

03 核心研究结果

庞大的数据支撑与强大的分析模块
OralExplorer 整合了多达 35 个口腔炎症疾病数据集，覆盖 6 种主要疾病类型的 901 个样本。平台界面直观友好，不仅能输出高质量的可视化图像，还能生成详细的数据结果表供用户下载。

*(图1：OralExplorer的功能模块与工作流程设计)*

实验验证确认全新生物标志物
通过 OralExplorer 平台的深度挖掘，研究团队锁定了 6 个与牙周炎密切相关的潜在标志物。随后的 qPCR 和 IHC 实验明确证实，这些基因在牙周炎患者的组织样本中表达量显著升高，验证了平台的极高可靠性与临床价值。

*(图7：通过 IHC 验证牙周炎组与健康对照组中核心基因的表达差异)*

04 研究结论总结

• 数据资源的大整合： OralExplorer 是首个针对口腔炎症疾病的综合在线分析平台，极大降低了生信分析门槛。

• 机制探索的指南针： 平台允许用户以交互式的方式探索这些疾病发生与消退背后的分子机制，助力个性化医学的发展。

• 释放数据潜在价值： 为全球牙科研究人员提供了快速解锁转录组和单细胞数据宝库的“金钥匙”。

科研利器推荐

验证生信分析挖掘出的潜在靶点，少不了免疫组化（IHC）与免疫荧光（IF）实验，而良好的样本固定是实验成功的关键基石！推荐使用 ES-8100 4％组织细胞固定液，它能迅速穿透组织，形成完美共价交联，极致保留细胞形态与抗原完整性。
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